Evangelische Johannes-Gemeinde
Die Evangelische Kreuzkirchengemeinde umfasst die Ortschaften Windenreute, Maleck und Kollmarsreute. Die Kirche steht an der Lindenbergstraße am Berg oben.
Ausführliche Informationen können auf der Homepage der Kirchengemeinde entnommen werden.
Eine weitere Gemeinde ist die Paulus- und Stadtkirchengemeinde
Für die katholischen Bürger in Windenreute sind die Kirchengemeinden St. Johannes und St. Bonifatius in der Stadt Emmendingen zuständig.